《炸裂吧巨棒》是一部以棒球为题材，讲述“弱者逆袭”的运动热血漫画。但与《炸裂吧棒球》不同，本作故事背景设在大学棒球联赛。主角“大棒”是一个体重严重超标、挥棒速度极慢的胖墩，他是大学棒球队的废柴经理。一次意外，他吃下了学长研发的“炸裂能量糖”，力量暴增，一棒将球轰出了全垒打墙外。然而，能量糖有严重副作用。他必须在“变强”和“自毁”之间做出选择，带领球队冲击从未进过的全国大赛。
决赛最后一局，大棒力量开始反噬，身体剧痛。他拒绝了学长的解药，选择用最后的力气挥出“炸裂一棒”。球飞向天际，他也倒在了本垒板上。球队赢了，大棒输了职业生涯，但他成为了传奇。
对手球队嘲笑大棒的身材，用恶意触身球羞辱他。大棒怒不可遏，连续吃下两颗能量糖，将对方的快速球一一轰出，打出了单场三响炮，让嘲笑他的人彻底闭嘴。
大棒频繁使用能量糖，身体开始出现警报：骨骼发出异响，视力偶尔模糊。学长安抚他，但大棒已经停不下来了，他享受这种被人仰望的感觉，陷入了对力量的痴迷。
大棒作为经理，只负责捡球和送水。在一次热身赛，球队捕手受伤，无人可换。大棒自告奋勇，被队员们嘲笑。他吞下一颗红色糖丸，力量瞬间炸裂，一棒击碎了记分牌。全场震惊。
球队即将废部，大棒在器材室发现了学长偷偷研究的“营养剂”。学长告诉他，这是他的毕业设计“炸裂能量糖”，理论能让普通人拥有职业球员的爆发力，但从未实验过。
大学开学，新生大棒因为体型笨拙，在校门口被棒球部的人误认为是吉祥物玩偶。他揭开头套，怒气冲冲地说：“我是来加入棒球部的！不是来当吉祥物的！”